中国科学院古脊椎动物与古人类研究所团队在人类演化研究领域取得突破性进展，通过创新技术首次从约40万年前的直立人牙齿化石中获取具有系统发育特征的分子信息。这项研究聚焦北京周口店、安徽和县、河南孙家洞三个遗址的6颗直立人牙齿，运用自主研发的酸蚀刻微损取样技术，在不破坏化石形态的前提下成功提取内源性牙釉质蛋白，为破解东亚直立人演化谜题提供了关键分子证据。
传统古蛋白研究因需大量破坏化石材料而面临伦理困境，研究团队创新建立的评估体系通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术，先对同层位动物化石进行非破坏性检测，确认古蛋白保存可行性后，再采用微量酸液短时蚀刻牙釉质表面的方法获取样本。这种技术仅消耗极小面积的表层釉质，使珍贵化石得以完整保存，为后续研究开辟了新路径。
面对近40万年岁月导致的蛋白质深度降解，研究团队构建了多重质控体系：通过两套独立实验系统对样本进行重复验证，运用三种生物信息学软件交叉比对原始谱图，仅保留被所有软件共同确认的氨基酸位点。最终从6个直立人样本中鉴定出6-11种内源性蛋白，包含650-3457个肽段，构建的蛋白质序列覆盖269-903个氨基酸位点，将东亚古人类蛋白组研究时限从16万年前推至40万年前。
在性别鉴定领域，研究团队开发出基于釉原蛋白特异性肽段比例的新方法。通过计算Y染色体特异性蛋白AMELY的特有肽段占比，将RY值高于0.058判定为男性，低于0.024判定为女性。该方法在7个样本中准确鉴定出6例男性和1例女性，相关工具包同步发表于专业期刊，为形态特征模糊或DNA保存不佳的化石提供了可靠鉴定手段。
系统发育分析显示，尽管周口店、和县、孙家洞直立人在颅骨形态上存在差异，但其牙釉质蛋白数据呈现高度一致性。研究发现的成釉蛋白(AMBN) A253G突变在所有6个样本中均稳定存在，而该变异在尼安德特人、丹尼索瓦人及现代人类中尚未检测到，证实中国境内直立人属于独立演化支系。这一发现终结了学界关于东亚直立人是否为多源群体的长期争论。
在遗传关联性研究中，团队锁定成釉蛋白(AMBN) M273V变异位点，该突变此前被认为仅存在于丹尼索瓦人和部分受其基因渗透的现代人群中。新数据显示，所有直立人样本在该位点呈纯合状态，而丹尼索瓦人个体呈现杂合状态，表明该变异起源于更古老的直立人群。通过反向追踪编码DNA区域，研究发现包含该变异的基因片段在丹尼索瓦人与非洲现代人间的分化程度显著高于尼安德特人，提示其可能通过中间群体传递。
基因流模型推演表明，中更新世晚期东亚直立人与丹尼索瓦人可能在相邻区域共存，为基因交流创造条件。源自直立人的古老变异通过丹尼索瓦人间接渗入现代人基因组，在菲律宾人群中保留率达21%，东亚人群中亦有少量分布。这种跨群体的基因传递网络，为理解现代人类遗传多样性提供了新视角。
该研究在方法论层面实现多重创新：酸蚀刻取样技术突破了化石保护的技术瓶颈，双质谱交叉验证体系确保了数据可靠性，古蛋白引导的基因组分析方法开创了独立于古DNA的研究路径。这些技术突破使古蛋白质组学从辅助性工具跃升为独立推导演化假说的核心手段，为探索更古老的人类演化阶段提供了方法论范式。
国际权威期刊同期发表的评论指出，这项研究通过分析中国直立人牙釉质蛋白，为古老遗传物质如何进入现代人类基因库提供了全新解释。审稿专家特别肯定了研究团队在技术创新和数据分析方面的卓越表现，认为其建立的质控体系"树立了行业新标准"，发现的跨群体基因流动证据"重塑了我们对人类演化复杂性的认知"。
