近期，深圳疾控中心携手华大智造联合实验室，在病毒溯源工作上取得了新进展。该实验室利用华大智造的T1+基因测序仪，成功对四例基孔肯雅病毒感染者进行了测序分析，测序结果的覆盖度均超过99.9%，展示了其高精度与高效性。
在这四例感染者中，有两例的病毒分别被确认为基孔肯雅东中南非型和亚洲型。其中，一例本土病例和一例输入病例携带的是东中南非型病毒，而另外两例境外输入病例则感染了亚洲型病毒。这一发现为后续的流行病学调查提供了宝贵的基因组学证据。值得注意的是，即使面对低病毒载量的样本（Ct值为37），T1+基因测序仪依然能够成功获取全长序列，这得益于其强大的宏转录组测序能力。
T1+基因测序仪不仅在深圳疾控中心发挥了重要作用，还在全国多个地方的疾控中心得到了广泛应用。这款设备能够快速捕获病毒序列，为疾控部门制定防控策略提供了科学依据，极大地提高了应对突发传染病的效率与准确性。
基孔肯雅病毒是一种属于披膜病毒科甲病毒属的病毒，其病毒颗粒呈球形，直径约为60至70纳米，且仅有一个血清型。根据病毒基因组的遗传进化分析，基孔肯雅病毒可分为西非型、东中南非型和亚洲型三种基因型。其中，东中南非型病毒的一个突变分支——印度洋分枝，更容易通过白纹伊蚊进行传播。
由于基孔肯雅病毒型别多样且突变位点多，传统的溯源方法，如细胞培养后进行Sanger测序，不仅耗时长达数周，而且在处理低病毒载量样本时成功率较低。基孔肯雅病毒的培养还需要在生物安全三级实验室环境中进行，这限制了传统方法在基层疾控和一线海关口岸的应用。相比之下，宏基因组测序技术以其“免培养、广谱筛查、全基因组解析”的特点，成为了应对新发突发传染病溯源工作的关键工具。
