在贵州普定县西南，有一处独特的南北对穿洞穴——穿洞遗址。这里曾历经多次考古发掘，最近一次由贵州省文物考古研究所联合中国科学院古脊椎动物与古人类研究所，在2022年至2025年期间展开，为期三年，取得了令人瞩目的成果。
此次发掘共设立了四个发掘区，总面积约50平方米。研究显示，北洞口堆积状况不佳，文化遗物稀少；而南洞口则保存较好，特别是S2和S3区域。S4区域的发掘揭示了洞厅晚期文化层的缺失，可能与清代晚期当地人的活动有关，但其下层堆积保存良好，年代对应S3区的⑧层以下。
穿洞遗址的文化堆积厚度超过6米，时间跨度从距今约8万年至8000年，涵盖了旧石器时代中期至新石器时代。这一连续的文化堆积在全国范围内极为罕见，为研究该区域的历史提供了丰富的实物资料。遗址内发现了3座墓葬、1万余件石制品、2500余件骨角制品、10万余件动物骨骼，以及少量与人类活动相关的植物遗存。
在发掘过程中，考古团队采用了精细化的发掘方法，如布设1米×1米的探方，按照自然层位控制发掘，并在同一自然层内采用2厘米水平层向下发掘。所有尺寸超过2厘米且与人类活动相关的遗物都被测量三维坐标后逐层收集，确保了对人类活动信息的全面提取。通过这些方法，发现了大量骨器、装饰品和人类化石等重要遗物。
穿洞遗址的文化堆积可分为四期。第一期距今约8万年，人类活动较少，仅出土了2件石制品和部分哺乳动物化石。第二期距今约6万至7万年，发现了晚期智人臼齿化石1颗，遗物主要为石制品和动物化石。第三期距今约5万至1.2万年，遗迹和遗物丰富，包括灰坑、用火遗迹和骨堆等。第四期距今约1.2万至8000年，是人类活动最频繁的时期，石质工具数量明显增多，骨角制品大量出现。
此次发掘还修正了对穿洞遗址年代框架的认识，将其上限上溯至距今约8万年。出土的石制品加深了对该遗址石器工业的认知，呈现出更高的多样性和复杂性。石制品原料以岩块和砾石为主，类型包括石核、石片、碎屑、断块和工具等。工具可分为刮削器、尖状器、石锛等多种类型。特别是第三期，在距今3.7万年至3.3万年的层位中发现了目前中国最早的窄槽砺石。
遗址中出土的赭石相关遗存为探讨古人类对赭石的利用行为提供了多元证据。地层中出土了大量赭石块，部分呈现出集中分布的现象，表明其与古人类有意识的采集行为相关。同时，还发现了加工、利用赭石的实物证据，如表面附着赭石粉末的穿孔装饰品等。
穿洞遗址还出土了大量骨角工具和装饰品，包括2500余件骨角器，其中有明显刮削、磨制、抛光或刻槽等技术特征的磨制类骨角工具1500件。这些骨制品类型和数量的层位变化揭示了生业模式的历时性变化。骨质和贝壳质串珠的发现为探索史前艺术行为提供了素材。
遗址中还首次发现了豪猪、竹鼠、象、牛、鸟、龟、鱼等动物遗存，这些遗存在阐释区域古气候环境背景、穿洞古人类生业模式及其动态历时性变化方面具有重要学术价值。同时，在距今约1万年的地层中出土了部分炭化的猕猴桃属及藜属植物种子，这些物种很可能为穿洞遗址古人类采集活动的重要对象。
穿洞遗址是中国南方地区首个同时出土旧石器时代中期、晚期古人类化石与旧—新石器时代过渡阶段墓葬遗存的遗址。其中，第⑪层出土的1颗早期现代人臼齿化石填补了贵州地区该时段古人类遗存的空白。旧—新石器时代过渡阶段发现的3座特殊墓葬行为，出土的人类骨骼包括未成年人下颌和成年人颅骨，随葬品共出5件。这些墓葬及人骨的发现为研究该地区史前人类体质特征、遗传信息及埋葬习俗提供了重要资料。
